داستان انیمه Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi یک سال بعد از شکست باگرامون و دارودستش اتفاق میفته. از اون زمان به بعد،تایکی کودو و یو امانو با همکلاسی یو،تاگیرو اکاشی، یه تیم بسکتبال تشکیل دادن.یه روز،تاگیرو متوجه یک منطقه عجیب به نام دیجی کوارتز میشه،یک محدوده عجیب و بی ثبات که بین دنیای انسانها و دنیای دیجیتال وجود داره.اون بعدا میفهمه که همه بچه ها از سراسر دنیا ایکسروس لودر هارو درست مثل پارتنر دیجیمون به دست اوردن تا در یک رقابت به نام شکار دیجیمون شرکت کنن.دیجیمون هایی که در دیجی کوارتز هستن می تونن از احساسات منفی که از دنیای انسانها سرچشمه میگیره تغذیه کنن.این باعث میشه که این دیجیمون ها خشن تر بشن. درنتیجه،شکارچیان دیجیمون باید این دیجیمون هارو متوقف کنن تا بتونن مانع از نابودی دنیای انسانها توسط اونها بشن.با اضافه شدن گادرامون مشکل ساز،تاگیرو تصمیم میگیره که بهترین شکارچی دیجیمون بشه،در صورتی که از گذشته تاکی و یو و ارتباط اونها با دیجیمون ها خبری نداره.در همین زمان یک نیروی شیطانی در کمین اونهاست تا از این فرصت استفاده کنه،و شکارچیان جوان خیلی زود متوجه میشن که شکار دیجیمون خیلی بیشتر از یه بازی سادست...